工具的本地运行和测试 (暂不可用,版本迭代后需要重新更新)
当用户完成工具的制作后(如何构建一个工具),您可能需要简单的测试一下工具是否可以正常运行。
这时您需要首先拉取工具镜像,然后配置run.ini文件。run.ini内容如下。
[input]
fq1 = test_fq1.gz
fq2 = test_fq2.gz
[output]
cleanfq1 = out1.fq.gz
cleanfq2 = out2.fq.gz
请注意 [input] 中的内容在不同工具中是不一样的,这是根据工具建立时port字段显示的,这里仅仅是fastp工具的演示。
在FlowHub中的工具详情信息如下图。工具中的命令行,命令行参数,输入,输出如何配置请参考如何制作一个工具。
您需要在 [input] 的每个port中指定输入文件(需要输入绝对路径),在 [output] 中指定工具运行完成后结果文件输出的目录(需要输入绝对路径),参考内容如下。
[input]
fq1 = "/demo_tool/test_data/test_fq1.gz"
fq2 = "/demo_tool/test_data/test_fq2.gz"
[output]
cleanfq1 = "/demo_tool/test_data/cleanfq1/out1.fq.gz"
cleanfq2 = "/demo_tool/test_data/cleanfq2/out2.fq.gz"
配置完成后,您可以使用下面的命令完成对工具的测试/运行。
# 注释行 fkit run [工具名:版本号] [工具配置文件run.ini]
./fkit run demo:1 run.ini
运行成功后,则会在/demo_tool/test_data/目录下生成输出的两个文件的文件夹,对应输出下有输出的结果文件。其他的工具同理可参考。